自民國88年本校設立護理管理系二技學制(本系前身)起，至今已有21年的歷史，開始一直以醫務管理系或護理管理系對外招生，民國94年本校第一次的科技大學專業系所評鑑，醫務管理系與護理管理系均榮獲評鑑一等的優良成績，顯示外界對本系用心辦學的成果相當肯定。 後來，本系將醫務管理與護理管理相關資源進行整併，並配合健康產業的發展趨勢以及健康促進觀念的推廣，發展健康事業管理特色課程，自99學年起以「健康事業管理學位學程」繼續培養更多符合健康產業需求的專業人力，102學年起更名為「健康事業管理系」，107學年增設碩士班。目前有碩士班、二技日間部、和四技日間部三種學制。
健康事業人才雙核心： 健管=健康促進+經營管理(跨領域整合)。二大就業主軸:醫療產業、連鎖健康流通產業管理師。